El div a desaparecer es:
<div class="alert alert-success alert-dismissable" id="alerts">
<button type="button" class="close" data-dismiss="alert">×</button>
<strong>Mensaje de Alerta</strong>
</div>
Al final se debe poner el script:
$(document).ready(function() {
setTimeout(function() {
$("#alerts").hide(6000);
}, 3000);
});
</script>
Utiliza
jquery-3.2.1.slim.min.js